1、规模较小，作业能力有限，辐射面窄，不能满足更多农户的需求；农机合作社的规章制度不健全，有待于进一步完善。对于大多数农机合作社而言，制度不健全是普遍存在的问题，甚至有些规模较大的合作社也没有制定规章制度，管理混乱。

2、合作社发展融资困难，机具设备不能抵押贷款。虽然国务院已出台政策，充许农机合作社以机具作为抵押向银行申请贷款，但银行确以种种理由拒绝执行，造成合作社发融资困难。

3、合作社成员素质有待于提高，要通过提高合作社成员素质来提高合作社的管理水平、服务水平和对新型农机具的操作使用水平。