逐级申报补贴阶段。水稻大棚育秧补贴对象按照建设标准向村委会自主申报（农场职工向所在农场申报），由村委会（农场）登记、核实、汇总，经乡（镇、街道）政府批准后报送至县级农业主管部门。县级农业主管部门对申报材料进行审查，负责汇总填写《2013年全市水稻育秧情况调查表》，经商同级财政部门、农机部门后，以文件形式报送到市农委。市农委将所辖县（市、区）《2013年全市水稻育秧情况调查表》汇总后，经商市市财政局、农机局，以文件形式报送省农委种植业管理处和省财政厅农业处。

现场审查核实阶段。各项目县农业部门要将育秧大棚建设地点、建设单位、建设规模等相关信息登记造册，立卷归档保存。水稻大棚育秧补贴采取“先建后补”的方式，由补贴对象先行组织建设水稻育秧大棚，待建成完工后，由村委会组织对拟申请验收的育秧大棚农户、大棚位置、大棚规模、面积、标准、硬盘数量及补贴额度等内容公示7天，接受社会和群众监督。公示无异议后，向县（市、区）级农业部门提交验收申请。县（市、区）、市农业部门会同同级农机部门、财政部门对拟给予补贴的新建育秧大棚逐级审核验收后，分别联合行文向市农委、市财政局、市农机局及省农委、省财政厅提交验收申请。省里将对各市新建育秧大棚进行抽验。

补贴资金兑现阶段。经省农委、财政厅抽查验收合格，确认补贴大棚和硬盘数量、补助金额，并将结果反馈给各市、县（市、区）确认无误后，省、市财政将按照有关规定逐级拨付补助资金。各县（市、区）农业主管部门和财政部门依据省农委、财政厅下达的符合补贴条件的建设单位名单和补贴金额拨付资金。