当前，沈阳市农机专业合作社发展仅仅是刚刚起步，还存在一些问题和不足之处，有待进一步完善。

一是大机械与小地块矛盾突出。农村实行联产承包责任制后，一家一户小块经营给广大农民提供了一定的“生活保险”和“就业保险”，广大农民形成了因循守旧、安于现状的思想。而且国家不断加大惠农政策力度，农民“惜地、恋地”情结日益严重，一家一户小块经营的现状短时间内很难扭转，大机械无法充分发挥其作用、收益不高，严重制约了农机合作社的发展步伐。

　　二是农机合作社农机品种单一。农机具品种单一，多为翻耙起等整地机械，远远不能适应综合作业和标准化生产的需要。

　　三是农机合作社的运行机制不健全。在全市的农机合作社中严格按照合作社章程经营的不多，在管理、生产、作业方面还没有形成有效的运行和管理机制。

　　四是资金投入不足。当前，广大农民对发展农机合作社、实现大农机作业的优势有了较为深刻的认识，但是由于组建农机合作社需要资金的比例较大，农民手中持币量严重不足，金融部门放贷资金有限，而且周期短，严重制约了农机合作社的发展和壮大。